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Collectivités : comment détecter les traces de coronavirus SARS-CoV-2 dans vos eaux usées ?

Pour détecter la présence de virus dans les eaux usées, il existe des protocoles bien définis. Concernant le coronavirus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19, les laboratoires intégrés au réseau Obépine de surveillance épidémiologique sont en quelque sorte le garant de la qualité et de la cohérence des résultats.

 

Tout comme le virus de la gastroentérite, le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19, le SARS-CoV-2, peut se retrouver, sous forme de traces, dans les eaux usées et dans les réseaux d’assainissement de vos collectivités. C’est en réalisant des mesures, d’abord sur quelques sites représentatifs puis plus largement, que les experts l’ont confirmé.


Obépine, des experts pour analyser les eaux usées

 

Logo reseau obepineUn observatoire épidémiologique dans les eaux usées s'est très vite constitué après le début de la crise sanitaire. Le groupe de travail baptisé Obépine réunit des chercheurs de laboratoires publics et universitaires, des collectivités et des opérateurs publics et privés, en charge de l'assainissement.

L’un de leurs objectifs est de surveiller, à partir de 150 stations d’épuration sélectionnées en fonction de leur disposition géographique et de leur environnement, la dynamique de circulation du virus au travers des réseaux d’assainissement des collectivités pour anticiper les éventuels rebonds.

Les laboratoires qui ont intégré le réseau Obépine, parmi lesquels celui de la régie municipale Eau de Paris, ont élaboré une méthodologie détaillée pour détecter de manière sûre et spécifique les traces du coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Le tout avec l’appui des professionnels opérateurs qui savent mieux que quiconque comment se comporte une station d’épuration et quelles précautions à prendre pour que les prélèvements donnent un résultat significatif


Détection du SARS-CoV-2, une méthodologie à suivre

Comment fonctionne la détection du SARS-CoV-2 dans les réseaux d'assainissement des collectivités ?

Les prélèvements se font en entrée de station d’épuration. Une manière efficace de se faire une idée de l’état général du réseau. Mais uniquement si l’on prend garde à prélever de l’eau sur 24 heures, proportionnellement au débit afin d’assurer un échantillonnage représentatif de la charge polluante qui arrive à la station. 


detection SARS Cov2 methodologie a suivre

Les échantillons doivent également être replacés par l’opérateur de la station dans le contexte du moment. Le débit journalier et les données relatives à des paramètres physico-chimiques qualifiant la qualité de l'eau ; comme la demande chimique en oxygène (DCO), par exemple, ou encore à la présence d’ammoniac sont autant d’informations qui permettront d’interpréter les résultats des analyses avec la plus grande justesse. Dans des prélèvements effectués un jour de pluie, les traces de SARS-CoV-2 peuvent se retrouver illusoirement diluées. Un rejet chargé en azote peut lui aussi indiquer une pollution anormale en entrée de station.

 


Les échantillons sont ensuite placés dans des contenants réfrigérés et envoyés à un laboratoire compétent en la matière. Le groupe Saur, par exemple, en tant qu’exploitant des installations d’épuration pour la collectivité, a fait le choix de travailler avec des laboratoires du réseau Obépine. Une garantie de qualité des résultats et une façon d’alimenter toujours plus les données nationales centralisées par le réseau.


Quantifier rapidement le coronavirus dans les eaux usées

 

Après concentration par centrifugation, les virologues experts du laboratoire EAU DE PARIS par exemple, extraient l’ARN des cellules virales potentiellement présentes puis amplifient quelques séquences spécifiques. Deux gènes plus précisément. L’un commun au groupe des coronavirus et l’autre, spécifique au SARS-CoV-2. Un résultat est alors donné en unité génomique par litre. La limite de détection se situant autour de 1 000 unités génomiques par litre.

La méthode est rapide et le laboratoire rend un résultat en moins de deux jours ouvrés. Elle permet de conclure à la présence ou non de traces de SARS-CoV-2 dans les eaux usées analysées. 

Elle ne permet en revanche pas de conclure quant à l’infectiosité de ces traces. Pour cela, il faut procéder à une analyse plus longue qui nécessite un protocole spécifique qui est en cours de mise au point par les experts Obépine. Et évaluer les risques de contamination par les eaux usées dans les collectivités, c’est justement l’autre objectif du réseau Obépine.
Même si les publications scientifiques doivent encore le confirmer, les premiers résultats semblent montrer que le risque d’infection par ce biais est négligeable.

 

Pour aller plus loin :

Télécharger le guide sur la détection du Coronavirus dans les eaux usées

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