Coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux usées : que faut-il en penser ?

La détection de traces du coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux a d’abord inquiété. Des questions demeurent. Mais elle est aujourd’hui considérée avant tout comme un outil efficace de suivi et d'anticipation de la circulation du virus responsable de la pandémie de Covid-19.

En avril 2020, l’annonce de la présence de traces de SARS-CoV-2 dans les eaux du réseau d’eau non potable de la Ville de Paris a fait grand bruit. Elle a aussitôt été suivie de commentaires rassurants des experts en maladies infectieuses. Selon eux, le coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19 ne trouverait pas dans les eaux, qu’elles soient usées, potables ou influencées, un environnement propice à sa multiplication. Le risque de transmission par ce biais resterait donc faible.

Il est en revanche aujourd’hui acquis que des traces du SARS-CoV-2 peuvent bien être détectées dans les eaux. Dans celles qui arrivent aux stations d’épuration, notamment. Le coronavirus, en effet, peut être expulsé, en quantité importante parfois, dans les selles d’une personne infectée. Avant même que cette personne présente des symptômes et même pendant un certain temps après sa rémission si elle a été malade. D’où l’idée qu’une analyse des eaux usées peut informer, de manière très précoce, sur la circulation du coronavirus. Et représenter un outil d’aide à la décision intéressant.

Coronavirus dans les eaux usées : que nous apprennent les analyses ?

Ce que les laboratoires détectent dans les eaux usées, c’est une partie du génome du SARS-CoV-2. Une analyse biochimique leur permet de quantifier l’ARN du coronavirus dans l’échantillon étudié. Les résultats sont ensuite mis en perspective par des données sur les débits d’eau ou sur d’autres facteurs pouvant impacter les chiffres (pluies, teneur en azote, etc.).

Au début du mois d’avril 2020, en Bretagne, où un cluster avait été identifié, une concentration de près d’un million d’unités génomiques par litre avait été détectée en entrée de station d’épuration. Une concentration mille fois supérieure à la limite de détection. Une nouvelle analyse sur la même station, mais en fin du 1^er confinement, avait montré des valeurs revenues à la normale, comprenez des valeurs non détectables.

L'avenir de la détection de virus dans les eaux usées

Ce n’est pas la première fois que les experts recourent à ce type d’analyse des eaux pour obtenir des informations relatives à la circulation d’un virus. C’est en étudiant la présence du virus Ebola dans les eaux usées au cours de l’épidémie de 2014 que les chercheurs ont pu montrer la pertinence de la « lecture » de ces eaux pour tracer la circulation de pathogènes dans une population.

Plus proche de nous, des prélèvements en sortie de station d’épuration ou en milieu naturel sont aussi effectués afin de détecter dans les eaux, la présence de norovirus comme ceux responsables de la gastroentérite. Ce type d’analyse reste encore préférentiellement concentré sur des sites de conchyliculture, par exemple. Mais il est de plus en plus demandé par les collectivités.

Ainsi, analyser les eaux usées pourrait permettre de définir un nouvel outil épidémiologique. De quoi, à l’avenir, suivre l’état de santé d’une population au regard d’une maladie en particulier. Ainsi les procédures qui se mettent en place dans le cadre de la pandémie de Covid-19 pourraient rapidement se généraliser.

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